首先，核磁共振检查能够对腰椎间盘突出症作出明确的定位定性诊断。这是由于核磁共振检查能够清晰地观察椎体、髓核和纤维环等结构。可以直接观察到纤维的完整性，这对于确定椎间盘突出的病理分型有重要价值，同时为进一步治疗提供了可靠的依据。
其次，核磁共振检查可以直接观察脊髓、蛛网膜下腔，对于脊髓肿瘤有很好的显示效果，一般能够对肿瘤作出定性诊断。对于脊髓空洞症，核磁共振检查可以作出明确清晰的诊断，在这一点上明显优于CT扫描。（在CT扫描中，髓内肿瘤及脊髓空洞积水症均可导致脊髓增粗，有时不易鉴别。）
再次，核磁共振检查对于脊柱结核和脊柱转移癌的诊出率较高，往往可以弥补X线平片检查和CT扫描的漏诊。
核磁共振成像对于骨骼的显影清晰度较之CT扫描要差一些，这也是其少有的缺陷之一。
